Junior fue fundado el 7 de agosto de 1924 y, desde entonces, ha logrado coronarse campeón del Fútbol Profesional Colombiano en nueve oportunidades (1977, 1980, 1993, 1995, 2004-II, 2010-I, 2011-II, 2018-II y 2019-I).

El equipo ‘tiburón’ ha tenido destacadas presentaciones en los torneos internacionales. En la Copa Libertadores de América de 1994 fue semifinalista, siendo eliminado por el argentino Vélez Sarsfield y también fue finalista de la Copa Sudamericana de 2018, en la que igualó 2-2 en el marcador global y cayó 4-3 en la tanda de penales frente a Atlético Paranaense. 

Entre sus jugadores más representativos está el “bombardero” Iván René Valenciano, máximo artillero con 157 anotaciones; como también el brasileño Víctor Ephanor y el argentino Juan Ramón 'la bruja' Verón.