En la eliminatoria a Alemania 2006, en los cuatro primeros partidos hizo 1 punto de 12 posibles, producto de un empate ante Argentina 1-1 en Barranquilla y 3 derrotas. De local perdió 1-2 ante Brasil y con Venezuela 0-1. Y en La Paz, fue goleado 4-0 por Bolivia. Ante este panorama, la Federación Colombiana de Fútbol tomó la decisión de sustituir a Francisco Maturana, y en su lugar llegó Reinaldo Rueda.
Su debut en esta clasificatoria, se produjo el 31 de marzo de 2004 ante Perú en Lima con un triunfo 0-2. Los goles fueron de Fredy Indurley Grisales y Franky Oviedo. Este triunfo le permitió comenzar a enderezar un camino que estaba totalmente oscuro y con muy poca cantidad de puntos obtenidos.
Pero llegó la fecha 10, el 13 de octubre de 2004 ante Brasil en Maceió. En ese momento la Selección Colombia ocupaba el octavo lugar con 9 puntos. Mientras que la “Verde Amarela”, se encontraba en el primer lugar con un total de 19 puntos. Recordemos que Colombia por eliminatorias mundialista nunca ha podido derrotar a Brasil. Este partido finalizó 0-0.
Estas fueron las nóminas de ambas selecciones de aquel partido. Brasil alineó de la siguiente manera. Dida; Cafú, Juan, Roque Junior y Roberto Carlos; Renato, Magrao, Ze Roberto y Álex; Ronaldinho y Ronaldo. Y este fue el once titular que seleccionó Reinaldo Rueda. Miguel Ángel Calero; Luis Amaranto Perea Perea, Iván Ramiro Córdoba, Mario Alberto Yepes y Gerardo Bedoya; Óscar Díaz, John Javier “Choronta” Restepo, Franky Oviedo, Víctor Danilo Pacheco y Fredy “Totono” Grisales; Juan Pablo Ángel. El árbitro de este enfrentamiento fue el uruguayo Jorge Larrionda.
En esta misma eliminatorias, estas dos selecciones se enfrentaron en la primera fecha, el 7 de septiembre de 2003 en Barranquilla. Pero recordemos que el estratega del combinado nacional era Francisco “Pacho” Maturana. “La Canarinha” se impuso 1-2, con goles de Ronaldo y “Kaká”.La anotación de Colombia fue de Juan Pablo Ángel. Esta era la primera vez que “LaTricolor” enfrentaba a Brasil en Barranquilla por eliminatorias mundialistas.
Al finalizar la eliminatoria, Colombia se ubicó en el sexto lugar con 24 puntos, 1 menos que Uruguay, quien alcanzó el repechaje tras ocupar el quinto puesto con 25 puntos. De estos 24 puntos, Reinaldo Rueda logró 23. Y de estos puntos, 14 fueron en condición de local y los 9 restantes se consiguieron de forastero. También debemos acotar, que Reinaldo Rueda Rivera fue el director técnico en la Copa América Perú 2004, finalizando en el cuarto puesto, tras perder 2-1 ante Uruguay. En este certamen, de 6 partidos disputados, ganó 3, empató 1 y perdió 2. Convirtiendo 7 goles y recibiendo la misma cantidad.